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Provider

The provider of this Internet site within the legal meaning of the term is the registered association Max Planck Society for the Advancement of Science e.V..

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Hofgartenstrasse 8
80539 Munich
Germany
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The Max Planck Society is registered in the Official Register of Societies and Associations at Berlin-Charlottenburg Local Court under the register number VR 13378 B.

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The Max Planck Society is legally represented by its Board of Directors which, in turn, is represented by the President of the Society, Prof. Dr. Martin Stratmann and by Secretary General Rüdiger Willem.

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Responsible editors for the contents of the website of the MPI Bioinformatics Toolkit (http://toolkit.tuebingen.mpg.de) with regard to media law:

Dr. Vikram Alva Kullanja
MPI for Developmental Biology
Spemannstr. 35
72076 Tübingen
vikram.alva[at]tuebingen.mpg.de

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The Max Planck Society is a non-profit research facility which is organized as a registered association. All of the institutes and facilities of the Max Planck Society are largely autonomous in terms of organization and research, but as a rule have no legal capacity of their own.

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Welcome to the MPI Bioinformatics Toolkit

The MPI Bioinformatics Toolkit is a platform that integrates a great variety of tools for protein sequence analysis. Many tools are developed in-house, and several public tools are offered with extended functionality.

The toolkit includes, among others: PSI-BLAST+, HHblits, HMMER; MUSCLE, MAFFT, ProbCons; HHrepID, PCOILS;HHpred, Modeller; CLANS, ANCESCON, PhyML; RetrieveSeq, HHfilter.

Job submission

Each tool has a separate input page with a web form in which the user can input sequence data, upload sequence files, and specify options. All tools that take alignments as input accept FASTA and CLUSTAL formats. Upon submission, each job is assigned an unique identifier; You may also choose your own job-names to organize your work.

Job management

Located on the left of the screen is a sidebar pane that holds a status list of all recent jobs in the current session. You can click on previously submitted jobs to check their status and view their results. An icon above the list provides access to the job manager, which allows easy searching and ordering of jobs.

In general a session will last until the web browser is closed. However, because of different session implementations by the various browser types, jobs may occasionally disappear from the joblist. Therefore, noting down the job ids is recommended. Anonymous job results are stored for three weeks, whereas jobs of logged-in users are stored for three months.

Please keep in mind, that the toolkit is focused on providing tools, not on storing results or other data: We don't make backups of your results. If the storage medium crashes or your job is deleted, we cannot restore it! After removal or updates of databases or tools, you probably will not be able to get the same results any more, even if you still know your input parameters. It's your task to save your results and databases.

Inter-connectivity

Most of the tools in the Toolkit are interconnected, allowing job results of one tool to be forwarded as input to others. For example, you could run PSI-BLAST+, parse out a multiple alignment of selected hits and send the results to the cluster analysis tool CLANS.

Reference

If you use our Toolkit for your research, please cite:

A Completely Reimplemented MPI Bioinformatics Toolkit with a New HHpred Server at its Core.
Zimmermann L, Stephens A, Nam SZ, Rau D, Kübler J, Lozajic M, Gabler F, Söding J, Lupas AN, Alva V. J Mol Biol. 2018 Jul 20. S0022-2836(17)30587-9.

FAQ

How do I reference use of the MPI bioinformatics Toolkit?

A Completely Reimplemented MPI Bioinformatics Toolkit with a New HHpred Server at its Core.
Zimmermann L, Stephens A, Nam SZ, Rau D, Kübler J, Lozajic M, Gabler F, Söding J, Lupas AN, Alva V. J Mol Biol. 2018 Jul 20. S0022-2836(17)30587-9.

How can I get a key for MODELLER?

MODELLER is developed and maintained by the SALILAB; a key can be obtained here: http://salilab.org/modeller/registration.shtml.

How long are my jobs stored for?

Anonymous job results are stored for a duration of three weeks, whereas jobs of logged-in users are stored for three months.

How can I fetch back results of a job I ran yesterday on my computer at home (I wasn't logged in)?

If you still remember the job ID, you can fetch your job back by typing the ID into the search box on the index page.

My collaborator sent me the ID to a job he ran; how can I fetch his job?

You can fetch his job by typing the ID into the search box on the index page.

Datenschutzhinweis (Privacy Policy*)


(*An English version will follow soon)

Die Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. (MPG) nimmt den Schutz Ihrer personenbezogenen Daten sehr ernst. Wir verarbeiten personenbezogene Daten, die beim Besuch unserer Webseiten erhoben werden, unter Beachtung der geltenden datenschutzrechtlichen Bestimmungen. Ihre Daten werden von uns weder veröffentlicht, noch unberechtigt an Dritte weitergegeben. Im Folgenden erläutern wir, welche Daten wir während Ihres Besuches auf unseren Webseiten erfassen und wie genau diese verwendet werden:
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1. Umfang der Datenverarbeitung

Wir erheben und verwenden personenbezogene Nutzerdaten grundsätzlich nur, soweit dies zur Bereitstellung einer funktionsfähigen Website sowie unserer Inhalte und Leistungen erforderlich ist. Die Erhebung und Verwendung personenbezogener Daten unserer Nutzer erfolgt regelmäßig nach Einwilligung der Nutzer. Eine Ausnahme gilt in solchen Fällen, in denen die Verarbeitung der Daten durch gesetzliche Vorschriften gestattet ist.

2. Rechtsgrundlage der Datenverarbeitung

Soweit wir für Verarbeitungsvorgänge personenbezogener Daten eine Einwilligung der betroffenen Person einholen, dient Art. 6 Abs. 1 lit. a EU-Datenschutzgrundverordnung (DSGVO) als Rechtsgrundlage.

Bei der Verarbeitung von personenbezogenen Daten, die zur Erfüllung eines Vertrages, dessen Vertragspartei die betroffene Person ist, erforderlich ist, dient Art. 6 Abs. 1 lit. b DSGVO als Rechtsgrundlage. Dies gilt auch für Verarbeitungsvorgänge, die zur Durchführung vorvertraglicher Maßnahmen erforderlich sind.

Ist die Verarbeitung zur Wahrung eines berechtigten Interesses der MPG oder eines Dritten erforderlich und überwiegen die Interessen, Grundrechte und Grundfreiheiten des Betroffenen das erstgenannte Interesse nicht, so dient Art. 6 Abs. 1 lit. f DSGVO als Rechtsgrundlage für die Verarbeitung.

3. Datenlöschung und Speicherdauer

Die personenbezogenen Daten der betroffenen Person werden gelöscht oder gesperrt, sobald der Zweck der Speicherung entfällt. Eine Speicherung kann darüber hinaus erfolgen, wenn dies durch den europäischen oder nationalen Gesetzgeber in unionsrechtlichen Verordnungen, Gesetzen oder sonstigen Vorschriften, denen die MPG unterliegt, vorgesehen wurde. Eine Sperrung oder Löschung der Daten erfolgt auch dann, wenn eine durch die genannten Normen vorgeschriebene Speicherfrist abläuft, es sei denn, dass eine Erforderlichkeit zur weiteren Speicherung der Daten für einen Vertragsabschluss oder eine Vertragserfüllung besteht.

4. Kontaktdaten der Verantwortlichen

Verantwortlich im Sinne der Datenschutz-Grundverordnung und anderer nationaler Datenschutzgesetze sowie sonstiger datenschutzrechtlicher Bestimmungen ist die

Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. (MPG)
Hofgartenstraße 8
D-80539 München
Telefon: +49 (89) 2108-0
Kontaktformular: https://www.mpg.de/kontakt/anfragen
Internet: https://www.mpg.de

5. Kontaktdaten der Datenschutzbeauftragten

Die Datenschutzbeauftragte der Verantwortlichen ist

Heidi Schuster
Hofgartenstraße 8
D-80539 München
Telefon: +49 (89) 2108-1554
datenschutz[at]mpg.de

B. Bereitstellung der Website und Erstellung von Logfiles

Bei jedem Aufruf unserer Webseite erfassen unsere Server und Applikationen automatisiert Daten und Informationen vom Computersystem des aufrufenden Rechners.

Folgende Daten werden vorübergehend erhoben:
  • Ihre IP-Adresse
  • Datum und Uhrzeit Ihres Zugriffs auf die Seite
  • Adresse der aufgerufenen Seite
  • Adresse der zuvor besuchten Webseite (Referrer)
  • Name und Version Ihres Browsers/Betriebssystems (sofern übertragen)

Die Daten werden in den Logfiles unsere Systeme gespeichert. Eine Speicherung dieser Daten zusammen mit anderen personenbezogenen Daten des Nutzers findet nicht statt.

Rechtsgrundlage für die vorübergehende Speicherung der Daten und der Logfiles ist Art. 6 Abs. 1 lit. f DSGVO. Die Speicherung in Logfiles erfolgt, um die Funktionsfähigkeit der Website sicherzustellen. Zudem dienen uns die Daten zur Optimierung der Webseiten, zur Störungsbeseitigung und zur Sicherstellung der Sicherheit unserer informationstechnischen Systeme. In diesen Zwecken liegt auch unser berechtigtes Interesse an der Datenverarbeitung nach Art. 6 Abs. 1 lit. f DSGVO.

Die Daten werden gelöscht, sobald sie für die Erreichung des Zweckes ihrer Erhebung nicht mehr erforderlich sind. Im Falle der Erfassung der Daten zur Bereitstellung der Website ist dies der Fall, wenn die jeweilige Sitzung beendet ist. Im Falle der Speicherung der Daten in Logfiles ist dies nach spätestens sieben Tagen der Fall. Eine darüberhinausgehende Speicherung ist möglich. In diesem Fall werden die IP-Adressen der Nutzer gelöscht oder verfremdet, sodass eine Zuordnung des aufrufenden Clients nicht mehr möglich ist.

Die Erfassung der Daten zur Bereitstellung der Website und die Speicherung der Daten in Logfiles ist für den Betrieb der Webseite zwingend erforderlich. Es besteht folglich seitens des Nutzers keine Widerspruchsmöglichkeit.

C. Verwendung von Cookies

Unsere Webseite verwendet Cookies. Bei Cookies handelt es sich um Textdateien, die im Internetbrowser bzw. vom Internetbrowser auf dem Computersystem des Nutzers gespeichert werden. Ruft ein Nutzer eine Website auf, so kann ein Cookie auf dem Betriebssystem des Nutzers gespeichert werden. Dieses Cookie enthält eine charakteristische Zeichenfolge, die eine eindeutige Identifizierung des Browsers beim erneuten Aufrufen der Website ermöglicht.

Wir setzen Cookies ein, um unsere Website nutzerfreundlicher zu gestalten. Einige Elemente unserer Webseite erfordern es technisch, dass der aufrufende Browser auch nach einem Seitenwechsel identifiziert werden kann. In den Cookies werden dabei folgende Daten gespeichert und übermittelt:

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  • Übernahme der Spracheinstellung des Browsers: automatische Auswahl der Startseite und Rechtschreibprüfung
  • Merken von eingegebenen Formulardaten: bei der seiteninternen Suche verwendete Begriffe, Eingaben im Kontaktformular (Abschnitt D)

Die durch technisch notwendige Cookies erhobenen Nutzerdaten werden nicht zur Erstellung von Nutzerprofilen verwendet. In diesen Zwecken liegt auch unser berechtigtes Interesse in der Verarbeitung der personenbezogenen Daten nach Art. 6 Abs. 1 lit. f DSGVO.

Cookies werden auf dem Rechner des Nutzers gespeichert und von diesem an unserer Seite übermittelt. Daher haben Sie als Nutzer auch die volle Kontrolle über die Verwendung von Cookies. Durch eine Änderung der Einstellungen in Ihrem Internetbrowser können Sie die Übertragung von Cookies deaktivieren oder einschränken. Bereits gespeicherte Cookies können jederzeit gelöscht werden. Dies kann auch automatisiert erfolgen. Werden Cookies für unsere Website deaktiviert, können möglicherweise nicht mehr alle Funktionen der Website vollumfänglich genutzt werden.

Wir verwenden auf unserer Website darüber hinaus Cookies, die eine Analyse des Nutzungsverhaltens der Nutzer ermöglichen.

D. Kontaktformular (Kontakt per E-Mail)

Auf unserer Webseite ist ein Kontaktformular vorhanden, welches für die elektronische Kontaktaufnahme genutzt werden kann. Nimmt ein Nutzer diese Möglichkeit wahr, so werden die in der Eingabemaske eingegeben Daten an uns übermittelt und gespeichert. Diese sind in der Regel Ihre E-Mail-Adresse, Name und Vornamen. Über die konkrete Verarbeitung der Daten informieren wir Sie im Rahmen des Nutzungsvorgangs und holen Ihre Einwilligung ein. Zudem wird auf diese Datenschutzerklärung verwiesen. Die Daten werden ausschließlich für die Verarbeitung der Konversation verwendet.

Rechtsgrundlage für die Verarbeitung der Daten bei der Nutzung des Kontaktformulars ist bei Vorliegen einer Einwilligung des Nutzers Art. 6 Abs. 1 lit. a DSGVO. Die Verarbeitung der personenbezogenen Daten aus der Eingabemaske dient uns allein zur Bearbeitung der Kontaktaufnahme. Die Daten werden gelöscht, sobald sie für die Erreichung des Zweckes ihrer Erhebung nicht mehr erforderlich sind. Dies dann der Fall, wenn die jeweilige Konversation mit dem Nutzer beendet ist bzw. das Anliegen des Nutzers abschließend bearbeitet ist. Beendet ist die Konversation dann, wenn sich aus den Umständen entnehmen lässt, dass der betroffene Sachverhalt abschließend geklärt ist. Der Nutzer hat jederzeit die Möglichkeit, die Einwilligung zur Verarbeitung der personenbezogenen Daten gegenüber den aufgelisteten Ansprechpartnern zu widerrufen.

E. Registrierung

Auf unseren Webseiten bieten wir Nutzern die Möglichkeit, sich unter Angabe personenbezogener Daten über eine Eingabemaske zu registrieren. In der Regel erheben wir Ihre E-Mail-Adresse, Name und Vornamen. Über die konkrete Verarbeitung der Daten informieren wir Sie im Rahmen des Registrierungsvorgangs und holen Ihre Einwilligung ein. Zudem wird auf diese Datenschutzerklärung verwiesen.

Rechtsgrundlage für die Verarbeitung der Daten ist bei Vorliegen einer Einwilligung des Nutzers Art. 6 Abs. 1 lit. a DSGVO. Dient die Registrierung der Erfüllung eines Vertrages, dessen Vertragspartei der Nutzer ist oder der Durchführung vorvertraglicher Maßnahmen, so ist zusätzliche Rechtsgrundlage für die Verarbeitung der Daten Art. 6 Abs. 1 lit. b DSGVO. Eine Registrierung des Nutzers ist für das Bereithalten bestimmter Inhalte und Leistungen auf unserer Website bzw. zur Erfüllung eines Vertrages mit dem Nutzer oder zur Durchführung vorvertraglicher Maßnahmen erforderlich. Die Daten werden gelöscht, sobald sie für die Erreichung des Zweckes ihrer Erhebung nicht mehr erforderlich sind. Dies ist für die während des Registrierungsvorgangs erhobenen Daten der Fall, wenn die Registrierung auf unseren Webseiten aufgehoben oder abgeändert wird. Für den Registrierungsvorgang zur Erfüllung eines Vertrags oder zur Durchführung vorvertraglicher Maßnahmen ist dies dann der Fall, wenn die Daten für die Durchführung des Vertrages nicht mehr erforderlich sind. Auch nach Abschluss des Vertrags kann eine Erforderlichkeit, personenbezogene Daten des Vertragspartners zu speichern, bestehen, um vertraglichen oder gesetzlichen Verpflichtungen nachzukommen.

Als Nutzer haben sie jederzeit die Möglichkeit, die Registrierung aufzulösen. Die über Sie gespeicherten Daten können Sie jederzeit abändern lassen, die Vorgehensweise ist beim konkreten Registrierungsvorgang näher beschrieben. Sind die Daten zur Erfüllung eines Vertrages oder zur Durchführung vorvertraglicher Maßnahmen erforderlich, ist eine vorzeitige Löschung der Daten nur möglich, soweit nicht vertragliche oder gesetzliche Verpflichtungen einer Löschung entgegenstehen.

F. Datenübermittlung

Die Verwaltung und Speicherung Ihrer persönlichen Angaben erfolgt bei ausgewählten Diensten

  • Kontaktformular (Abschnitt D)
  • Registrierung für die Abonnementverwaltung „abo.mpg.de“ (Abschnitt E)

Ihre personenbezogenen Daten werden nur in den gesetzlich erforderlichen Fällen bzw. zur Strafverfolgung aufgrund von Angriffen auf unsere Netzinfrastruktur an staatliche Einrichtungen und Behörden übermittelt. Eine Weitergabe zu anderen Zwecken an Dritte findet nicht statt.

G. Recht der betroffenen Personen

Als betroffene Person, deren personenbezogene Daten im Rahmen der oben genannten Dienste erhoben werden, haben Sie grundsätzlich folgende Rechte, soweit in Einzelfällen keine gesetzlichen Ausnahmen zur Anwendung kommen:

  • Auskunft (Art. 15 DS-GVO)
  • Berichtigung (Art. 16 DS-GVO)
  • Löschung (Art. 17 Abs. 1 DS-GVO)
  • Einschränkung der Verarbeitung (Art. 18 DS-GVO)
  • Datenübertragbarkeit (Art. 20 DS-GVO)
  • Widerspruch gegen die Verarbeitung (Art. 21 DS-GVO)
  • Widerruf der Einwilligung (Art. 7 Abs. 3 DS-GVO)
  • Beschwerderecht bei der Aufsichtsbehörde (Art. 77 DS-GVO). Dies ist für die MPG das Bayerische Landesamt für Datenschutzaufsicht, Postfach 606, 91511 Ansbach.
Google Fonts

Wir binden die Schriftarten ("Google Fonts") des Anbieters Google LLC, 1600 Amphitheatre Parkway, Mountain View, CA 94043, USA, ein. Datenschutzerklärung: https://www.google.com/policies/privacy/, Opt-Out: https://adssettings.google.com/authenticated.

Contact Us

Send your feature requests, comments or bug reports to: mpi-toolkit@tuebingen.mpg.de

Please contact the Södinglab regarding issues pertaining to local installations of HHpred/HHblits.

Cite Us

If you use our Toolkit for your research, please cite us. It helps us keep this service running for you.

A Completely Reimplemented MPI Bioinformatics Toolkit with a New HHpred Server at its Core.
Zimmermann L, Stephens A, Nam SZ, Rau D, Kübler J, Lozajic M, Gabler F, Söding J, Lupas AN, Alva V. J Mol Biol. 2018 Jul 20. S0022-2836(17)30587-9.
Recent Updates

June 1, 2018

HHpred: profile HMM databases of Bacteriovorax sp., Bdellovibrio bacteriovorus, Enterococcus faecalis, Helicobacter pylori, Leptospira interrogans, Neisseria gonorrhoeae, Phycisphaerae bacterium, Plesiocystis pacifica, and Waddlia chondrophila are online.


May 10, 2018

HHpred: profile HMM database of Toxoplasma gondii is online.


March 29, 2018

HHpred: profile HMM database of Acinetobacter baumannii is online.


March 7, 2018

HHpred: a new version of the SCOPe database, version 2.07, is now online.


March 4, 2018

HHpred: a new version of the ECOD database, version 20180219 (develop204), is now online.


December 24, 2017

Our paper on the new Toolkit is out: A Completely Reimplemented MPI Bioinformatics Toolkit with a New HHpred Server at its Core. Zimmermann L, Stephens A, Nam SZ, Rau D, Kübler J, Lozajic M, Gabler F, Söding J, Lupas AN, Alva V. J Mol Biol. 2017 Dec 16.


December 6, 2017

HHpred: the PDB_mmCIF70 DB is now built using Uniclust30 instead of Uniprot20. Additionally, we now also offer PDB_mmCIF30, containing fewer representatives.


December 5, 2017

HHpred: profile HMM DBs of six archaeal proteomes (Archaeoglobus fulgidus, Halobacterium jilantaiense, Methanocaldococcus jannaschii, Methanothermus fervidus, Pyrococcus horikoshii, and Sulfolobus solfataricus) are online.


November 13, 2017

In addition to nr50, we now also offer nr30 for PSI-BLAST, HMMER, and PatternSearch.


October 31, 2017

HHpred: the Uniclust30 DB is now available for query A3M generation.


September 29, 2017

HHblits: a new version of the Uniclust30 DB is online.


September 24, 2017

HHpred: profile HMM DBs of Fischerella muscicola, Frankia alni, Streptomyces scabiei, and Thermus aquaticus are online.


September 19, 2017

HHpred: profile HMM DBs of Aquifex aeolicus, Deinococcus radiodurans, Dictyostelium discoideum, Schizosaccharomyces pombe, and Thermus thermophilus are online.


September 9, 2017

HHpred: profile HMMs of the ECOD database (Grishin Lab) are online.


August 31, 2017

HHpred: HMM database of Giardia lamblia is online.


August 28, 2017

HHpred: HMM database of Physcomitrella patens is online.


August 23, 2017

HHpred: HMM databases of Brachypodium distachyon and Tetrahymena thermophila are online.


July 21, 2017

Our Quick2D tool for the annotation of protein secondary structural features is back.


July 18, 2017

HMM databases of Caenorhabitis elegans and Drosophila melanogaster are online.


July 10, 2017

HMM databases of the COG, KOG, SMART, and NCBI CD databases are online now.


July 4, 2017

Profile HMM databases of the human proteome and Chaetomium thermophilum are online.


June 20, 2017

Profile HMM database of Arabidopsis thaliana is online.


June 10, 2017

Profile HMM databases of many bacterial proteomes are online.


May 27, 2017

Profile HMM databases of Mycobacterium tuberculosis is now available for HHpred.


May 19, 2017

Release Notes: Welcome to the new version of the MPI Bioinformatics Toolkit

Dear Toolkit Users,

welcome to the new version of the MPI Bioinformatics Toolkit hosted at the Department of Protein Evolution, Max Planck Institute for Developmental Biology, Germany. The first version of the Toolkit was released in 2005 and has serviced over 2.5 million external queries to date. We had to rework the Toolkit entirely because of mounting software incompatibility with our computing infrastructure and also took this opportunity to improve some features and prune a few of the outdated and less-widely used tools. To allow an easy transition to the new Toolkit, we have retained the basic structure and UI features of the earlier version, and have added additional features, some of which are listed below, to enhance user experience.

New tools

  • PhyML is offered instead of PHYLIP-NEIGHBOR for phylogenetic inference.
  • MMseq2s is offered instead of BLASTClust for clustering of up to 20,000 sequences.

New features/changes

  • HHpred allows comparison of two sequences or MSAs, replacing HHalign.
  • CLANS allows clustering of up to 10,000 sequences.
  • BLAST+ and PSI-BLAST+ are offered as a single tool.
  • Caching of results for quick retrieval of pre-computed jobs.
  • Search box on the index page for quick access to tools and jobs.
  • Job manager in addition to joblist for easy management of jobs.
  • E-mail notifications are only available to logged-in users.
  • Comprehensive client-side input validation.
  • Significantly enhanced performance, owing to upgraded computational infrastructure.

Coming soon
We are going to bring back FRpred, HHomp, Quick2D, daTAA, and REPPER within the next few weeks. Additionally, we are going to offer many more proteome databases for HHpred over the next months and are also working on making the help pages more comprehensive.

The new Toolkit is still under active development and we invite you to send us your feature requests and bug reports (mpi-toolkit@tuebingen.mpg.de ).

If you find our Toolkit useful for your research, please cite us (Alva et al., 2016) ; it helps us keep this service running for you.

Best wishes,
Your Toolkit Team


Template Alignment (~100 most distinct sequences)

Forward Job

Only some tools accept full-length sequences as input!